Države članice obavezale su se da sarađuju u mnogim oblastima. Na primer, policije svih država EU tesno sarađuju putem EUROPOL-a, institucije čiji je osnovni zadatak da sakuplja podatke o krivičnim delima i njihovim počiniocima i prosleđuje ih svim članicama, kako bi se Evropa odbranila od najrazličitijih vrsta kriminala – od trgovine drogom do nasilja na fudbalskim utakmicama!

Ovaj vid saradnje je i Lisabonskim ugovorom ostao u „trećem stubu“ EU, iako je njime de facto ukinuta podele na stubove. Tim ugovorom izvršeno je grupisanje osnivačkih akata Evropske unije u dva teksta: Ugovor o Evropskoj uniji (UEU) i Ugovor o funkcionisanju Evropske unije (UFEU). Najveću novinu u oblasti ove politike EU predstavlja unapređenje zakonodavnog postupka i postupka donošenja odluka (uveden je postupak saodlučivanja). Evropska komisija i države članice imaju pravo zakonodavne inicijative, a potrebna je kvalifikovana većina glasova u Savetu za usvajanje odluka. Takođe, ojačan je uticaj i značaj parlamenata – kako Evropskog, tako i nacionalnih. Po prvi put, parlamenti država članica postaju direktno uključeni u proces donošenja odluka u EU tako što je predviđeno da svaki zakonodavni dokument mora biti predočen nacionalnim parlamentima država članica koji imaju osam nedelja da o njemu odluče. Novim ugovorom uvodi se mogućnost uspostavljanja Kancelarije evropskog javnog tužioca, čiji zadatak će biti da istražuje i goni slučajeve prevara, štiteći tako finansijske interese Unije. Evropski javni tužilac imaće jurisdikciju na celoj teritoriji EU i moći će da neposredo istupa pred nadležnim sudovima država članica (trenutno samo nacionalni organi mogu da istražuju slučajeve prevara). Ugovorom je takođe predviđeno da se u okviru Saveta ustanovi Stalni komitet za unutrašnju bezbednost, koji će biti nadležan za jačanje i promovisanje operativne saradnje nacionalnih organa država članica. Saradnja i koordinacija nacionalnih tela zaduženih za pitanja bezbednosti, održavanje javnog poretka, izdavanje pasoša i drugih ličnih dokumenta nisu obuhvaćeni izmenama i ostaju u okvirima međudržavne saradnje.